A finales del siglo IV y principios del V tales edificios próximos al foro se convierten en una necrópolis cristiana. Se han hallado una veintena de tumbas. Alguna con ajuar de la época visigótica. Es probable que al lado existiera un templo. En la casa nº 3 se ha encontrado un recipiente con mosaico de aspecto bautismal. Clunia no fue una ciudad visigoda. No tuvo peso específico alguno en el reino godo de Toledo. No fue ceca monetaria, ni albergó obispado, asentado en la vecina Uxama. Son muy escasos los hallazgos cristianos: un gran vidrio, un anillo con crismón, una venera en piedra y la necrópolis hallada junto al foro. La vieja ciudad romana, poblada en el siglo I básicamente por itálicos sobre un fuerte sustrato indígena, en la época visigoda Clunia está prácticamente despoblada.